A medida que su utilización, el disco duro es tocado por un efecto de "fragmentación" que reduce su resultado original. La fragmentación se traduce en el hecho que los clusters ocupados por los ficheros no son "clasificados " más de modo contínuo sobre el disco, sino son dispersados sobre el disco, en respuesta a varias manipulaciones (supresiones y copias de ficheros, plantages intempestivo).
Este esparcimiento obliga las cabezas de lectura que se pasean sobre pistas y sectores muy variados y, a veces, muy distantes unos de otros. Al contrario, cuando los clusters limpios de un fichero son ordenados de modo contínuo, los movimientos de la cabeza son mucho más raros y menos largos a efectuar.
Ciertos sistemas de ficheros muestran una susceptibilidad más grande a la fragmentación que otros.
FAT, por ejemplo, se fragmenta bastante rápido. Sistemas de ficheros más evolucionados, como NTFS o Ext2, resisten mucho más a la fragmentación tanto que el espacio disco libre queda suficientemente educado. El caso Linux es un poco aparte, porque el modo en el que este sistema operativo dispone los datos es diferente de lo que existe bajo Windows. Allí donde este último va a utilizar los primeros espacios vacíos, con riesgo de asignar un fichero a varios bloques distantes, Linux va a encontrar, entre los espacios libres de su disco duro , aquello que sería bastante grande para acoger el conjunto de su fichero. Este funcionamiento hace casi inexistente el fenómeno de fragmentación, por poco que quede bastante espacio libre sobre su disco.
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